Neben dem Gymnasium Francisceum beherbergt das ehemalige Klostergebäude auch das Museum der Stadt Zerbst/Anhalt, das die über 1070-jährige Geschichte sowohl des Ortes als auch des Franziskanerklosters dokumentiert. Der Eingang zum Museum befindet sich im Westflügel. Die Sammlungen des Museums zur Ur- und Frühgeschichte, zur Stadt- und besonders zur Reformations- uns zur Bildungsgeschichte in Zerbst und ganz Anhalt sind die Schwerpunkte der Ausstellung. Neben dem Modell der Stadt vor der Zerstörung am 16. April 1945 bildet eine Dokumentation über das Anhalt-Zerbster Fürstenhaus des 17. und 18. Jahrhunderts einen weiteren Anziehungspunkt.

Das Refektorium und der Kapitelsaal mit seinen Ornamenten erinnern an die Klosterzeit und der Karzer mit seinen historischen Inschriften aus dem 17. Jahrhundert an die Universitätsgeschichte. Ein Zeitstrahl verbindet die Stadtgeschichte mit der des Landes Anhalt und europäischen Ereignissen bis zur Gegenwart.