Das heutige Schloss Penkun wurde um 1190 an dieser Stelle erstmals als Burg erwähnt und im 13. Jahrhundert von den Pommernherzögen als Grenzburg ausgebaut. Unter Einbeziehung dieses Vorgängerbaus wurde von 1484 bis 1486 das Schloss errichtet. Sein heutiges Aussehen im Stil der Renaissance verdankt es einem Umbau zwischen 1580 und 1590, vermutlich unter der Leitung von Thaddäus Paglion.
Nach der dem 2ten Weltkrieg folgenden Enteignung der Familie von der Osten wurde im Schloss eine Schule mit Internat und eine landwirtschaftliche Ausbildungsstätte untergebracht. Durch fehlende Unterhaltung war das Schloss Ende der 1980er Jahre baufällig. Durch engagierte Bürger, die Gemeinde Penkun und von 1991-2001 mit Hilfe der Deutschen Stiftung Denkmalschutz wurde das Schloss vor dem Verfall gerettet und restauriert.