Die Klosterkirche verdankt ihren Namen einem Benediktinerinnen-Kloster, das im ersten Drittel des 13. Jahrhunderts entstand. Dieses Kloster wurde nach der Reformation aufgelöst. Die im Jahre 1862 im neugotischen Stil eingeweihte Kirche wurde vom Baumeister K. A. Flaminius  geplant. Wie durch ein Wunder hat die Kirche die Zerstörung der Stadt 1945 überstanden. Die Klosterkirche ist bereits das dritte Gotteshaus an diesem Standort. Das erste wurde 1429 von Hussiten zerstört und das zweite wurde 1860 wegen Baufälligkeit abgerissen. Bis zum 2.  Weltkrieg wurde die Klosterkirche nur von der Landbevölkerung genutzt. Gubener Christen versammelten sich in der Stadt- und Hauptkirche im heutigen Gubin. Sie bildet seit vielen Jahren den christlichen und kirchenmusikalischen Mittelpunkt der Stadt. Seit 2003 ist die Kirche nach  jahrelanger Restaurierung wieder im vollen Glanz zu besichtigen. Ganz besonders sehenswert sind die Glasfenster der Klosterkirche, die 1999  vom Berliner Künstler Helge Warme entworfen wurden. Thematische Grundlage für deren Gestaltung ist das evangelische Lied “Jesu, meine Freude“ der beiden Gubener Johann Crüger (Melodie) und Johann Frank (Text) von1653.