Die erste jüdische Gemeinde in Potsdam wurde 1740 gegründet. 1743 kam ein Begräbnisplatz auf dem heutigen Pfingstberg dazu. Jechiel Michel wurde 1760 Potsdams erster Rabbiner.
Im Jahr 1767 baute die Gemeinde ihre erste Synagoge in der Plantage Nr. 1 im Hinterhaus. Zu diesem Zeitpunkt gab es 34 Männer, 36 Frauen und eine nichtgezählte Menge an Kindern in der jüdischen Gemeinde. Doktor Samuel Apolant übernahm 1851 das Amt des Rabbiners in der zweiten, 1802 geweihten, Synagoge. Gleichzeitig wurde der jüdische Frauenverein gegründet.
Die größte Synagoge der Potsdamer Gemeinde wurde 1903 am Wilhelmplatz - dem heutigen Platz der Einheit - eingeweiht. Sie wurde im Novemberpogrom 1938 angegriffen und geschändet. Im April 1945 wurde durch einen Luftangriff mit Brandbomben die Synagoge so stark beschädigt, dass die Ruine abgerissen wurde. Heute erinnert eine Gedenktafel an die Synagoge.
Nach der politischen Wende in Deutschland ließen sich jüdische Emigranten aus der ehemaligen Sowjetunion in Potsdam nieder. 1991 wurde die Jüdische Gemeinde Land Brandenburg e.V. - deren Mitglieder in Brandenburg, Potsdam und im Aufnahmeheim Ahrensfelde untergebracht waren - gegründet. Zum Vorsitzenden wurde der Orthopäde Doktor A. Kogan gewählt. Zwei Jahre später, im November 1993 gelang es der Gemeinde, mithilfe des Kulturministers des Landes, Herrn Hinrich Enderlein, als Körperschaft des öffentlichen Rechts, anerkannt zu werden.
Da die Mitgliederzahl ständig stieg, beschlossen die in Potsdam ansässigen jüdischen Einwohner 1996, eine eigene Gemeinde zu gründen. 2000 erfolgte die Eintragung in das Vereinsregister des Amtsgerichtes Potsdam. Die Jüdische Gemeinde Land Brandenburg wurde Dachverband.