Der Fährlander See ist Teil des Landschaftsschutzgebietes „Königswald mit Havelseen und Seeburger Agrarlandschaft“. Der See selbst ist ein wichtiges Brutgebiet, vor allem aber ein bedeutendes Rast- und Überwinterungsgebiet für Vögel, die aus anderen Regionen zu uns kommen. Manchmal rasten hunderte oder sogar tausende Wasservögel auf dem See – solange es keine Störungen durch Surfer oder andere Wasserfahrzeuge gibt. Die Ufer des Fährlander Sees sind durch ausgedehnte Röhrichtgürtel gekennzeichnet, die eine Reihe von spezialisierten Vogelarten aufweisen. Auch die Wiesen am Westufer sind wertvoll für Vögel, vor allem, wenn sich im Frühjahr flache Wasserstellen ausbilden. Hier brüten dann beispielsweise Kiebitze, und Gänse und andere Zugvögel rasten auf den Wiesen. Im Rahmen des „Klimamoor“-Projektes ist hier eine Anhebung des Wasserstandes geplant, die sicher vielen Vogelarten zu Gute kommen wird.