Bereits 1854, als die Baptisten in vielen Teilen Deutschlands noch nicht als Kirche anerkannt waren, traf sich der preußische König mit einigen ihrer leitenden Persönlichkeiten in Sanssouci und ordnete sie den anderen Kirchen der Evangelischen Allianz gleichberechtigt zu.
Während es in Berlin im 19. Jahrhundert schon eine größere Anzahl gab, formierte sich die Potsdamer Baptistengemeinde erst 1910 als selbständige Gemeinde. Ihr erstes Gemeindehaus wurde in der Bombennacht des 14.4.1945 zerstört. Nach einem Grundstückstausch konnten die evangelisch-freikirchlichen Christen 1957-1960 auf den Ruinen der im Krieg ebenfalls zerstörten Kapelle des Großen Militär-Waisenhauses ihre zweite Kirche errichten. 1993 wurde sie durch einen Anbau erweitert, um den wachsenden Bedürfnissen der Gemeinde gerecht zu werden.