Das "Natte Werder" (nasse Insel) wurde im Rahmen der "Repeuplierung" durch den Großen Kurfürsten mit Schweizer Landwirten besiedelt. Die Dorfkirche in Nattwerder wurde 1685 erbaut und ist damit die älteste genutzte und erhaltene Kirche in Potsdam. Im Westen gliedert sich ihr ein niedriger, quadratischer Turm mit ziegelgedecktem Pyramidendach an. Die Empore über dem Turmeingang und die Holzkanzel entstammen der Bauzeit. Die Ostempore über dem Altartisch wurde 1797 für eine kleine Orgel errichtet. 1996 baute die Potsdamer Orgelbauwerkstatt Schuke in das historische Gehäuse ein Instrument mit acht Registern ein. Wie einst drehen sich Sonne und Mond bei Cymbelklang am restaurierten Prospekt.
Von 2007 bis 2012 wurde die Dorfkirche Nattwerder rekonstruiert.