Lindows Geschichte ist untrennbar mit der des Klosters verbunden. Vermutlich ist das Kloster um 1230 von den Grafen von Arnstein gegründet worden, die sich selbst auch Grafen von Lindow nannten. 1542 führte man die Reformation ein und das Kloster wurde in ein evangelisches Damenstift umgewandelt. Es war bis 1638 eines der reichsten Klöster der Mark, als es dann mit seiner wertvollen Bibliothek und seinen Urkunden durch kaiserliche Truppen zerstört wurde. Aus dieser Zeit ist die alte Klosterschule erhalten geblieben.

Heute gehört das am malerischen Wutzsee gelegene ehemalige Zisterzienserinnenkloster zur Lafim-Diakonie. Das diakonische Unternehmen, das auf dem Klostergelände ebenfalls mit einem Evangelisches Seniorenzentrum, Angeboten im Service-Wohnen sowie einer Tagespflege präsent ist, hat sich zum Ziel gesetzt, das wunderschöne Gelände als Ort der Begegnung und des christlich diakonischen Dialogs weiterzuentwickeln. So finden im Sommer regelmäßige Andachten sowie andere kulturelle Veranstaltungen auf dem Gelände statt.

Das Kloster Lindow und sein historischer Friedhof sind von Fontane in seinem Roman „Der Stechlin“ als Kloster Wutz beschrieben worden. „Lindow ist so reizend wie sein Name. Zwischen drei Seen wächst es auf, und alte Linden nehmen es unter ihren Schatten“, so gibt Fontane seinen Gefühlen angesichts des idyllisch gelegenen Ortes, den er mehrfach besuchte, Ausdruck. Jedoch äußerte er sich erst in der dritten Auflage seiner Wanderungen durch die Mark Brandenburg „Die Grafschaft Ruppin“, die 1874 erschien, über das Städtchen. Die drei Seen, die er schwärmerisch in seinen Wanderungen beschreibt, sind der Gudelack-, Wutz- und Vielitzsee. In seinem Roman „Der Stechlin“ setzt er dem malerischen Ort Lindow und dem Kloster ein Denkmal.

Teilweise sind die alten Klostergebäude noch als Ruinen erhalten. Das Gebäude der alten Klosterschule aus dem 15. Jahrhundert ist bis heute gut erhalten, ebenso das alte Waschhaus. Das ehemalige Kloster ist von einer Parkanlage umgeben, in der sich der alte Klosterfriedhof mit historischen Gräbern von Stiftsdamen befindet. Die Grabzeichen sind in den vergangenen Jahren mit Mitteln der Deutschen Stiftung Denkmalschutz restauriert worden.

Die 2011 restaurierte Ruine des Konventgebäudes ist das Wahrzeichen des Klosters und der Stadt Lindow. 

Die im Dreißigjährigen Krieg zerstörte Klosterkirche wird heute als Kirche unter freiem Himmel für Andachten und Gottesdienste genutzt. Außerdem wurde 2019 der Garten des Buches angelegt – ein jüdisch-christlich-muslimischer Lehr- und Schaugarten, in dem viele verschiedene Pflanzenarten aus dem Tanach, der Bibel und dem Koran entdeckt werden können. Damit soll auf die Gemeinsamkeiten dieser drei Religionen hingewiesen und Vorurteile abgebaut werden. Das begehbare Labyrinth ist barrierefrei angelegt und die Beschilderung ist in Brailleschrift ausgeführt.