Die ursprüngliche Kirche wurde im Dreißigjährigen Krieg zerstört. An ihrer Stelle entstand 1698 ein Fachwerkbau und 1886 ein neuromanischer Backsteinturm mit Schweifdach. Die Geschichte des Ortes Kleßen wurde maßgeblich von der Familie von Bredow geprägt. Der Fachwerkbau des Kirchenschiffes ist bis 1929 jedoch so marode, dass ein Neubau nach den Plänen von Kirchenoberbaurat Dr. Curt Steinberg begonnen wird. Mit der Ausmalung der Kirche wurde der Kirchenmaler Robert Sandfort beauftragt. Die Innenausstattung der einfachen Saalkirche wird weitgehend aus der Vorgängerkirche übernommen und ist bis heute in der Kirche vorhanden: Der Kanzelaltar mit Rokokoformen, eine Renaissancetaufe aus dem Jahr 1607 und die mit Wappen und Inschriften bemalten Emporen. Der reich verzierte barocke Orgelprospekt blieb ebenfalls erhalten – das Instrument dahinter wurde zur erneuten Einweihung der Kirche 1932/34 durch eine pneumatische Orgel von Gustav Heinze aus Sorau ersetzt.
Im Jahr 2007 konnte mit der Restaurierung des Innenraumes begonnen werden. Der Kirchenmaler Karl-Heinz Sandow stellte die ursprüngliche Farbigkeit wieder her. Nach Sanierung der Außenhaut der Kirche erstrahlt der Bau heute wieder frisch verputzt im lichten Ocker des Kleßener Sandes.
In Kooperation mit den Besitzern des Schlosses finden in der Kirche regelmäßig Konzerte statt. Die Öffnung der Kirche ist nach Absprache mit Christine Hess-Haacke, Dorfstr. 13, Tel. 033235 22611 möglich.