Die St.-Gertraud-Kirche setzt einen markanten Akzent in der Gubener Vorstadt. Ein kleiner Vorgängerbau befand sich seit der Mitte des 14. Jahrhunderts im nördlich angrenzenden Park, dem ehemaligen Friedhof der Gubener Vorstadt. Die außerhalb der Frankfurter Stadtmauern gelegene, erste Gertraudenkirche war von der Gewandschneidergilde gestiftet worden. 1820, schon baufällig und eigentlich zu klein für die wachsende Gemeinde, wurde sie der Stadt übertragen. 1823 fand eine letzte Instandsetzung statt. 1874-1878 wurde sie schließlich durch einen Neubau ersetzt. Er folgte den Vorgaben des Eisenacher Regulativs von 1861 für den evangelischen Kirchenbau: Verwendet wurde Ziegel als dauerhaftes Material ohne täuschenden Bewurf oder Anstrich. Im Stil bediente man sich unter anderem gotischer Elemente.

Seit 1943 beherbergt die St.-Gertraud-Kirche die aus der 1945 größtenteils zerstörten St.-Marien-Kirche geretteten Schätze. Es handelt sich dabei um die wertvollsten mittelalterlichen Kunstwerke der Stadt. Hier finden sich unter anderem der Marienaltar von 1489, die Bronzetaufe aus dem Jahr 1376 mit 41 Figurenreliefs und der imposante siebenflammige Bronzeleuchter aus der 2. Hälfte des 14. Jahrhunderts, der von vier Adlern getragen wird. Ein bemaltes Holzrelief im Chor der Kirche zeigt Jesus im Kreis seiner Jünger, darunter der ungläubige Thomas. Hier wird der Besucher überrascht: Die Hauptfiguren haben bewegliche Hände aus Holz, die man berühren und bewegen kann (bitte nur unter Aufsicht und sehr behutsam)! St. Gertraud wurde 1978 bis 1980 umgebaut.

Es wurde ein Erdgeschoss mit Büroräumen für die Pfarrei angelegt. Seitdem ist der eigentliche Kirchenraum niedriger und befindet sich im 1. Obergeschoss, das über eine Treppe an der Nordseite erreicht