Die heutige Friedenskirche ist Frankfurts ältestes Gotteshaus. Schon um 1226 wird eine dem heiligen Nikolaus, dem Schutzpatron der Kaufleute gewidmete Pfarrkirche der Marktsiedlung an gleicher Stelle erwähnt. Durch die Erweiterung der Stadt nach Süden, die Anlage des Marktes und des Rathauses und den Bau der St.-Marien-Kirche in der 2. Hälfte des 13. Jahrhunderts verlor St. Nikolai allmählich an Bedeutung. Nach der Reformation im 16. Jahrhundert wurde sie zeitweise säkularisiert und sogar als Getreidespeicher verwendet. Als Pfarrkirche der in jüngerer Zeit hauptsächlich aus Einwohnern der Dammvorstadt, des heutigen Słubice, bestehenden evangelischen Nikolaigemeinde diente von nun an die ehemalige Franziskaner Klosterkirche, die auch den Namen Nikolaikirche übernahm (jetzt Konzerthalle Carl Philipp Emanuel Bach).

Die alte Nikolaikirche wurde erst seit dem 17. Jahrhundert von der reformierten und der französischen reformierten Gemeinde (Hugenotten) wieder als Gotteshaus genutzt. 1880-1894 führten umfangreiche Umbauarbeiten durch Friedrich Adler zu den heutigen neogotischen Formen. 1929 wurde die gewissermaßen namenlose Reformierte Kirche in Friedenskirche umbenannt. Die Gründe für diese Namenswahl sind unbekannt.