Zum Stadtmuseum Brandenburg an der Havel gehören drei Ausstellungsorte: das Frey-Haus, ein barockes Wohnhaus des 18. Jahrhunderts in der historischen Altstadt, der Steintorturm als Teil der mittelalterlichen Stadtbefestigung der Neustadt und das Gotische Haus, ein spätmittelalterliches Bürgerhaus.
Der mittelalterliche Steintorturm ist selbst ein herausragendes Zeugnis der Stadtgeschichte und äußerst empfehlenswert. In dem einzigen begehbaren Stadttorturm in Brandenburg an der Havel wird eine Ausstellung zur Brandenburger Havelschifffahrt und -fischerei gezeigt. Von der Aussichtsplattform hat man einen beeindruckenden Blick über die Neustadt und die Havel. Der Turm ist während des Winterhalbjahres geschlossen.
Im Frey-Haus werden Sonder- und Kabinettausstellungen zu wechselnden Ausschnitten der tausendjährigen Stadtgeschichte präsentiert. Besonders beeindruckend ist die Sammlung historischen Spielzeugs, das nur wenige Meter entfernt produziert wurde. Ergänzt werden die Ausstellungen um Veranstaltungen und museumspädagogische Angebote.
Ganz in der Nähe ist im Keller des Gotischen Hauses die Ausstellung „Alchemie und Alltag“ zu sehen. Archäologische Funde erlauben Einblicke in die Werkstatt eines Apothekers und in einen wohlhabenden barocken Haushalt. Das inszenierte Pferdeskelett aus einer Grube des 13. Jahrhunderts ist das älteste der ausgestellten Objekt.