1237 kamen Franziskaner in die Altstadt nach Brandenburg. Mitte des 13. Jahrhunderts begannen sie mit dem Bau eines Klosters. Das Areal nahe des Havelüberganges wurde als Standort bewußt gewählt. Es entstand die einschiffige frühgotische Kirche mit geradem Ostabschluss. Lanzettartige Fenster spendeten Licht für den eher schlichten Backsteinsaal.

Ein hölzerner Flügelbau diente anfangs als Kloster, bevor mittig in der Kirche ein steinerner Bau entstand. 1300 fiel das Bauwerk einem Brand zum Opfer. Auf den alten Umfassungsmauern wurde später der hochgotische gewölbte Kirchensaal gebaut. In seiner Ausführung einmalig ziert ein Rosettenfenster mit Maßwerk aus Ziegelton die Nordwand.

Die wechselvolle Geschichte nahm auch nach der Reformation seinen Lauf, nachdm das Klosterr in städtischen Besitz wechselte. Es wurde als Spital, in späteren Zeiten teils als Brauhaus und höhere Schule genutzt.

Aufgrund der Baugrundprobleme der auf Morast errichteten Kirche, wurde der Bau Mitte des 19 Jahrhunderts saniert, nachdem die Kiche ihr Gewöb verloren hatte. 1945 sorgte ein Bombentreffer für die Zerstörung des westlichen Jochs. 1986 stürzten dann die Dachreste ins Kirchenschiff. Das Bauwerk wurde notgesichert. 2007 begann die Stabilisierung der Ruine und ab 2012 der Ausbau.

Die alte Dachform wurde aus Anlass der Bundesgartenschau in der Havelregion im Jahr 2015 rekonstruiert. Im Zuge dieser Maßnahme wurde ebenfalls die offene Westfassade mit einer Glaswand versehen und somit verschlossen. Im Inneren blieb der ruinöse Zustand bestehen, in dem Sonntagsottesdienste gefeiert werden.