Die Gründung des Ortes Werbellin erfolgte erst 1748. 18 evangelische Familien aus Zweibrücken in der Pfalz, die ihre Heimat aus Glaubensgründen verlassen mußten, wurden hier angesiedelt. 1776 erfolgte der Bau einer Fachwerkkirche, welche 1910 wegen Baufälligkeit abgerissen werden mußte. Die danach neu erbaute Kirche wurde durch den Berliner Architekten Georg Büttner im sog. Landstil gestaltet. Sie wurde zu Epiphanias 1914 mit einem Festgottesdienst feierlich geweiht. Auch diese Kirche war nach einigen Jahrzehnten durch Blitzschlag, Sturmschaden, Frost und Wasser so baufällig, dass sie in den 70er Jahren abgerissen werden sollte. Der Gemeindekirchenrat entschied sich jedoch für eine Sanierung und Restaurierung der Kirche. Es folgten nun zwanzig Jahre mühsamer, immer wieder aus finanziellen Gründen unterbrochener Sanierungsarbeiten. Erst am 20. Oktober 1996 erlebte die Kirchengemeinde Werbellin die feierliche Wiedereinweihung ihrer Kirche.
Seit dem 23. September 2001 steht nun das Gotteshaus als Autobahnkirche tagsüber allen Reisenden offen. Wer Ruhe und Besinnung auf seinen Wegen sucht, der kann diese hier finden.